De la naturaleza de San Pedro del Pinatar destaca especialmente su litoral, con 14 kilómetros de playas pertenecientes tanto al Mar Mediterráneo como al Mar Menor. Este último, debido a sus características climatológicas y de oleaje, se ha convertido en un lugar ideal para la práctica de deportes náuticos, como demuestra la existencia de cinco puertos deportivos y una escuela náutica.
Además, el Mar Menor, presenta virtudes medicinales, para el tratamiento de artritis y reumatismo, debido a sus especiales condiciones de salinidad. En este sentido, son especialmente conocidos los lodos, que se han depositado durante siglos en la zona de "La Puntica".
Pero además este municipio alberga el Parque Regional de Las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar es un humedal con una extensión de 856 hectáreas, que conjuga salinas, playas y dunas del entorno del Mar Menor.
Las salinas propiamente dichas ocupan la mayor parte del parque, divididas en estanques, separados por motas de tierra o muros de piedra. Hay una zona de propiedad privada y acceso restringido destinada a uso industrial como industria salinera, explotada en la actualidad por "Salinera Española".
La zona de acceso público, está formada por playas, dunas y pinadas, que pueden recorrerse a pie o en bicicleta. Recientemente se ha dispuesto una senda verde.
Entre su fauna destacan los flamencos rosados que suelen llegar a finales de verano. Además, se pueden encontrar, entre otros, zampullines, gallinetas, albatros, garzas reales y gaviotas
